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《意见》要求，中标企业要与区县政府签订协议，明确改造目标、改造范围、改造要求、工程进度时限和双方权利、义务关系及违约责任等。要明确项目法人，终身对住房质量负责；要落实绿色建筑行动方案，执行绿色建筑标准。表示，为确保建设用地供应，将加大供地支持，优先安排棚户区改造安置房建设用地。对未完成棚户区改造供地任务的区县，原则上不予安排商品住房建设用地。同时，对纳入政府统一组织实施棚户区改造的国有土地，规划含有回迁商品住房的，可将棚户区改造前期工作及拟改造土地的使用权一并在土地市场通过招标方式确定土地使用权人。规划用地性质为商业金融等其他经营性用地且不含有回迁安置房(定性为商品住房)的，按照“拆迁建设分离”原则，在项目用地征收完成后，在土地市场公开入市交易。棚户区改造异地安置后腾退的经营性用地，一律通过招拍挂方式供地，以平衡棚户区改造资金。

《意见》还明确，棚户区改造安置补偿包括货币补偿和房屋产权调换，由棚户区内的居民自愿选择。棚户区改造安置房实行原地和异地建设相结合，规划条件允许的地区，尽可能实现就地安置。对中心城区因文物保护、规划条件限制等无法就地安置的，可进行异地安置，异地安置要充分考虑居民就业、就医、就学、出行等需要，合理规划选址，尽可能安排在交通便利、配套设施齐全地段。此外，居民实现异地安置后，原在输出区享有的子女就学、养老、医疗等待遇不变。人口输入区因承接核心城区人口疏解而增加的常住人口，不纳入人口调控考核范围。

据2013年北京市制订的棚户区改造计划称，北京5年将投入5000亿元，使23万户、70万棚户区中的居民改善居住条件。